Desde su nacimiento como repúblicas, Ecuador y Perú sufrieron discrepancias por territorios desde el siglo XIX hasta 1998, especialmente en zonas como la Cordillera de los Andes y la cuenca Amazónica. El conflicto nació debido a que en la Gran Colombia le exigió al Perú la devolución de las provincias de Tumbes, Jaén y Maynas que de acuerdo al principio de la "libre determinación de los pueblos" eran peruanas. Cuando la Gran Colombia se disuelve en 1830, la nueva república del Ecuador reiteró en más de una ocasión sus derechos ante el Perú. En consecuencia, desencadenó cuatro conflictos armados. En 1858-1860, en 1941, en 1984 y en 1995; además de dificultar las relaciones comerciales y diplomáticas.